هیچ فهرست مدونی از ساختار تشکیلاتی حوزه‌های علمیه و مراکز، موسسات و نهادهای وابسته به آن در دست نیست، اما می‌توان با کنار هم قرار دادن اطلاعات پراکنده تصویر و شمایی کلی از سازمان عریض و طویل وابسته به حزوه‌های علمیه ترسیم کرد. در این بخش اسامی ۱۵۰ نهاد، مرکز، موسسه وابسته به حوزه‌های علمیه فهرست شده است، اسامی‌ای که هر کدام می‌توانند بالقوه سوژه یک گزارش تحقیقی باشند.
در قسمت اول این بخش، صرفا نام نهادهای اصلی که در بخش سوم، به آنها پرداخته شد ردیف شده و اطلاعات و جزئیات زیرمجموعه‌ها تا جای ممکن ذکر شده‌اند.
در قسمت دوم، نام برخی مراکز تخصصی و مراکزی که در منابع حوزوی به عنوان مراکز وابسته معرفی شده‌اند آمده است.
الف- نهادهای اصلی
۱- جامعه مدرسین حوزه علمیه قم
۲- شورای عالی حوزه‌های علمیه
۳- شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران
۴- شورای سیاستگذاری حوزه های علمیه خواهران
۵- شورای سیاستگذاری حوزه علمیه خراسان
۶- مدیریت حوزه علمیه خراسان
۷- مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه کشور
- حوزه‌های علمیه استانی
- معاونت آموزش
- معاونت پژوهش
- معاونت تبلیغ و امور فرهنگی
- مدیریت هنر و تبلیغ نوین
- واحد تبلیغ اینترنتی
- واحد نرم‌افزارها
- واحد هنر و رسانه
- واحد مطبوعات
- مدیریت مسجد و هجرت
- واحد جذب و گزینش
- واحد اعزام مبلغان
- واحد برنامه‌ریزی و آموزش
- واحد نظارت و ارزیابی
- واحد رابطین فرهنگی
- مدیریت نهادهای آموزشی و قضایی
- واحد هماهنگی با نهادهای تبلیغی
- واحد همکاری با نهادهای علمی
- واحد هماهنگی تبلیغات مساجد
- واحد حمایت از توسعه تولیدات فرهنگی
- واحد مهد و پیش‌دبستانی امین
- مدیریت فرق و ادیان
- مدیریت تبلیغ تخصصی
- دفتر مطالعات و تامین محتوا
- واحد سیاستگذاری
- واحد آسیب‌شناسی
- واحد برنامه‌ریزی
- واحد تامین منابع
- واحد نقد کتب درسی
- مدیریت هنر و تبلیغ نوین
- معاونت تهذیب و تربیت
- اداره نظارت و ارزیابی
- اداره قرآن و حدیث
- اداره امور تربیت اخلاقی
- اداره امور مشاوره و خانواده
- اداره مطالعات تربیتی و فرهنگی
- معاونت منابع انسانی
- مراکز و دفاتر مستقل
- دفتر تدوین متون درسی حوزه های علمیه
- دفتر برنامه ریزی و نظارت راهبردی
- مدیریت امور مراکز تخصصی حوزه‌های علمیه
- مرکز امور نخبگان و استعدادهای برتر
- ستاد همکاری حوزه های علمیه و آموزش و پرورش
- مرکز امور طلاب و دانش آموختگان
- دفتر امور موقوفات و منابع پایدار
- مرکز امور صیانتی
- مرکز ارتباطات و امور بین‌الملل
- مرکز فناوری اطلاعات
- دفتر امور اجتماعی و سیاسی
- دفتر امور مشاوران و ارتباطات داخلی
- مرکز آموزش های کاربردی و مهارتی
- دفتر هماهنگی امور مراکز تخصصی و موسسات آموزش عالی
- موسسه انتشارت حوزه های علمیه
- مرکز رسانه و فضای مجازی حوزه‌های علمیه
ب- برخی مراکز تخصصی و موسسات وابسته
مراکز تخصصی وابسته به حوزه‌های علمیه (مدیریت امور مراکز تخصصی حوزه‌های علمیه)
- مرکز تخصصی امام خامنه‌ای
- مرکز تخصصی امام خمینی – مشاوره اسلامی
- مرکز تخصصی امامت اهل بیت
- مرکز تخصصی ائمه اطهار
- مرکز تخصصی آل یاسین
- مرکز تخصصی باقرالعلوم
- مرکز تخصصی تبلیغ
- مرکز تخصصی تفسیر و علوم قرآن
- مرکز تخصصی حضرت مهدی
- مرکز تخصصی حقوق و قضای اسلامی
- مرکز تخصصی دارالاعلام
- مرکز تخصصی دارالهدی
- مرکز تخصصی دین پژوهی علوی
- مرکز تخصصی شیعه شناسی
- مرکز تخصصی صادقین
- مرکز تخصصی علوم حدیث
- مرکز تخصصی امام علی بن ابی طالب
- مرکز تخصصی فلسفه اسلامی
- مرکز تخصصی کلام اسلامی
- مرکز تخصصی مدیریت اسلامی
- مرکز تخصصی مذاهب اسلامی
- مرکز تخصصی معارف اهل بیت
- مرکز تخصصی موعود
- مرکز تخصصی نهج البلاغه
- موسسه آموزش عالی حوزوی اسراء
- موسسه آموزش عالی حوزوی امام رضا
- موسسه آموزش عالی حوزوی تربیت مدرس
- موسسه آموزش عالی حوزوی خاتم النبیین
- موسسه بین المللی مطالعات اسلامی
- مرکز تخصصی (کلام) ائمه اطهار
- مرکز تخصصی فقه و حقوق ولیعصر
- مرکز تخصصی تمدن نوین اسلامی
سایر مراکز وابسته به حوزه براساس اعلام مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات
- مرکز آموزش تخصصی شیعه‌شناسی حوزه علمیه قم
- مرکز تحقیقات طب اسلامی امام صادق (علیه‌السلام)
- مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی
- مرکز فقهی ائمه اطهار (علیهم‌السلام)
- مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات حوزه علمیه
- مرکز مطالعات و پژوهشهای فلکی ـ نجومی
- دفتر نمایندگی موسسه تنظیم و نشر آثار امام خمینی (قم)
- موسسه آل البیت ـ احیاء التراث
- مرکز جهانی اطلاع رسانی آل البیت
- موسسه معصومین
- بنیاد اندیشه دینی و مطالعات توسعه
- بنیاد فرهنگی پیام اسلام
- موسسه فرهنگی ـ هنری نسیم اندیشه
- پژوهشکده نظامهای سیاسی اسلام
- مرکز اسناد انقلاب اسلامی (قم)
- موسسه تحقیقاتی لواء
- موسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی
- مرکز مطالعات و پاسخگویی به شبهات
- موسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی ـ پژوهشکده اندیشه سیاسی اسلام
- مرکز مدیریت حوزه‌های علمیه خواهران
- موسسه احیای طب طبیعی
- مکتب الموسوی الاسلامیه
- مرکز مطالعات و پژوهشهای فلکی ـ نجومی
- مرکز تحقیقات کامپیوتری علوم اسلامی ـ سازمان کامپیوتر نور
- مرکز تحقیقات علمی دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری
- مرکز تحقیقات طب اسلامی امام صادق
- مرکز احیای میراث اسلامی
- مرکز آموزشی مدیریت دولتی قم – معاونت حوزه تحقیقات اندیشه‌های اسلامی در مدیریت
- دبیرخانه جشنواره علمی ـ تحقیقی شیخ طوسی (ره)
- خانه فرهنگی الزهرا
- کانون نویسندگان و فضلای قمی حوزه علمیه قم
- پژوهشکده تحقیقات اسلامی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
- پژوهشکده باقرالعلوم
- مرکز مطالعات و تحقیقات حوزه نمایندگی ولی فقیه در وزارت جهاد کشاورزی
- معاونت امور فرهنگی مسجد مقدس جمکران
- موسسه آیت الله بروجردی
- پژوهشکده نظامهای اسلامی
- مرکز پژوهشهای اسلامی صدا و سیما
- پژوهشگاه فرهنگ و اندیشه اسلامی
- پایگاه اطلاع رسانی سراسری اسلامی (پارسا)
- شبکه اطلاع رسانی دانا فجر
- شبکه جهانی اطلاع رسانی نور
- شبکه گسترش اطلاعات فرهنگی رافد
- مرکز تحقیقات اسلامی جانبازان
- موسسه پژوهشی عروه الوثقی
- موسسه پژوهشی ـ انتشاراتی مجمع ذخایر اسلامی
- موسسه اسلامی جهانی تبلیغ و ارشاد
- موسسه پژوهشی علوم ومعارف اسلامی ـ واحد پاسخ به پرسشهای مذهبی
- موسسه مسجد
- موسسه گفتگوی سازمانی
- موسسه پژوهشی علوم و معارف اسلامی ، واحد ادبیات عرب
- موسسه فرهنگی ـ پژوهشی حسنات
- مرکز فرهنگی و اطلاع رسانی نورالاسلام
- دفتر تحقیقات و تدوین متون درسی
- سازمان حوزه‌ها و مدارس علمیه خارج از کشور
- مجتمع علمی و آموزشی علوم اسلامی خواهران حوزه علمیه قم (جامعه الزهرا)
- مرکز آموزش تخصّصی تبلیغ
- مرکز آموزش تخصّصی مبلّغان خارج از کشور
- مرکز ادبی حوزه
- مرکز جهانی علوم اسلامی
- پژوهشکده حوزه و دانشگاه
- انتشارات دفتر تبلیغات اسلامی
- اندیشه سرای شمیم
